中共连州市纪律检查委员会与连州市监察委员会合署办公。目前，内设职能部门12个，即：办公室、宣教调研室、党风政风监督室、信访室（举报中心）、案件监督管理室、第一至第六纪检监察室、案件审理室。派驻纪检监察组4个、驻连州市国有资产监督管理局纪检监察组1个。直属单位1个，即：连州市纪委监委纪律审查服务中心。

内设机构及职责简介　   
  办公室：负责机关日常运转工作；筹备组织重要会议、活动；组织起草市纪委监委有关文件文稿；督促检查有关工作部署的落实情况等。
  宣教调研室：负责组织协调全面从严治党、党风廉政建设和反腐败宣传教育以及廉洁文化建设工作；负责机关的新闻事务和有关网络信息工作；参与起草制定相关规范性文件等。
  党风政风监督室：负责综合协调贯彻执行党的路线方针政策和决议、法律法规等情况的监督检查；综合协调党的政治纪律和政治规矩执行、贯彻落实中央八项规定精神、纠正“四风”工作、整治群众身边和扶贫领域的腐败和作风问题；综合协调党内监督、问责等方面工作等。
  信访室（干部监督室、举报中心）：负责受理对党的组织、党员违反党纪行为和对行使公权力的公职人员职务违法、职务犯罪行为等的检举、控告；综合分析信访举报情况；接待群众来访，处理群众来信和电话网络举报事项等。负责监督检查纪检监察系统干部遵守和执行党的章程和其他党内法规，遵守和执行党的路线方针政策和决议、国家法律法规等方面的情况；受理对有关纪检监察领导干部涉嫌违反党纪、职务违法和职务犯罪等问题的举报，提出处置意见并负责问题线索初步核实及立案审查调查工作等。
  案件监督管理室：负责对监督检查、审查调查工作全过程进行监督管理，履行线索管理、组织协调、监督检查、督促办理、统计分析等职责；归口管理审查调查有关协调事项；对调查措施使用进行监督管理，监督检查纪检监察机关依纪依法安全办案情况等。
  第一至第六纪检监察室：主要履行依纪依法监督和执纪审查、依法调查处置的职责。承办党员、监察对象违反党纪、职务违法和职务犯罪问题线索的初步核实和立案审查调查，并提出处理建议；向监察对象所在单位提出监察建议等；
  第六纪检监察室还负责全市反腐败国际追逃追赃和防逃工作的组织协调，承办全市反腐败重点个案的追逃追赃和防逃工作，负责全市反腐败国际追逃追赃和防逃工作的对外宣传等。
  案件审理室：负责审理市纪委监委直接审查调查的违反党纪和职务违法、职务犯罪案件和下一级纪委报批的违反党纪和职务违法案件，严格依规依纪依法提出处理或者处分意见；承办党员对市纪委作出的党纪处分或者其他处理不服的申诉案件、监察对象对市监委作出的涉及本人的处理决定不服的申请复审案件等。